In ogni epoca storica il Seminario diocesano di Bergamo si è impegnato con vasti orizzonti nella formazione dei futuri sacerdoti. Avviato il 1° ottobre 1567, è stato il settimo a essere fondato in Italia e nel mondo. Nel 1572 la sede fu trasferita nel Seminarino e nel 1821 sul Colle di San Giovanni, cioè l’attuale ubicazione. La sua fondazione — che rispondeva alle prescrizioni del Concilio di Trento — fu merito del vescovo Federico Cornaro (1561-77) che investì enormi energie nella formazione del clero. A pochi anni dall’apertura, era frequentato da una media di 20-25 giovani. Tutti i vescovi che si alternarono alla guida della nostra diocesi dal 1500 fino agli albori del 1800 — allora la Bergamasca apparteneva alla Repubblica Serenissima di Venezia — dimostrarono massima cura verso il Seminario con il rinnovamento degli studi, le migliorie della struttura edile e la scelta di capaci direttori spirituali. Al tempo del cardinale Gregorio Barbarigo (1657-64) era frequentato da oltre 70 alunni. Con la fine della dominazione veneta (1797) con la costituzione della Repubblica Bergamasca e poi della Cisalpina, Bergamo entrò bruscamente a contatto con la nuova realtà della dominazione francese, fortemente anticlericale, che creava asfissianti ostacoli al cammino delle parrocchie e della diocesi, guidata dalla sconcertante figura di Giampaolo Dolfin (1777-1819). Dal 1798 al 1799 il Seminario venne chiuso. In più occasioni durante l’Ottocento avvennero chiusure o contrasti con le autorità asburgiche e italiane.
Dopo forti polemiche per docenti e percorsi di studi durante l’episcopato tardogiansenista di Carlo Gritti Morlacchi (1831-52), il successore Pierluigi Speranza (1854-79) riportò i corsi teologici nei canoni rigidamente tradizionali. Gaetano Camillo Guindani (1879-1904) rinnovò il piano di studi e soppresse l’esperienza dei preti «pifferi» avviata dal predecessore, poiché la loro formazione era troppo sommaria. Anche la prima metà del Novecento vide tutti i vescovi in prima linea nelle cure verso il Seminario, soprattutto Giacomo Maria Radini Tedeschi (1905-14) e Adriano Bernareggi (1932-53).
Durante l’episcopato di Giuseppe Piazzi (1953-63) venne costruito l’attuale Seminario, inaugurato il 5 novembre 1967. Già nel 1957 (Lettera pastorale «Entrate anche voi nella mia vigna») aveva lanciato un forte appello, accolto dalla diocesi, per nuove vocazioni di fronte al progressivo calo numerico. Il vescovo Giulio Oggioni (1963-77) aggregò i corsi alla Facoltà teologica milanese. Il successore Roberto Amadei (1991-2009), già rettore del Seminario, sviluppò una intensa pastorale vocazionale perché la diocesi non era più un’isola felice. Infatti, per varie concause (calo delle nascite, scomparsa del tessuto cristiano, secolarizzazione, paura di impegni definitivi, ecc.) dopo i numeri record dei decenni precedenti si è innestato un continuo calo, tanto che nel 2016 non è avvenuta nessuna ordinazione.
Negli ultimi anni, la Scuola del Seminario si è aperta al territorio. Infatti, al suo interno non ci sono soltanto le sei classi di Teologia, ma sono attive tre scuole: le medie inferiori, il liceo classico e il liceo delle scienze umane a opzione economico sociale. Nell’anno scolastico 2015-2016, gli iscritti nelle medie sono stati 46 (10 in meno rispetto all’anno precedente, però con un amento di 5 alunni in classe prima). Gli iscritti ai licei sono stati 53 (con un calo di 4 unità rispetto all’anno precedente, però con tre aumenti: più 4 alunni in prima, più 2 in terza e più 4 in quarta).
